摘要：在2006年，主角伊森的妻子茱莉亚被大反派劫持，为了救回自己心爱的妻子，伊森听从反派的要求，前往上海偷窃源于东方神秘力量的秘密武器——兔子脚（又名：反上帝）。最终，反派被大卡车撞飞，只剩下一只皮鞋。伊森成功解救妻子，至于兔脚，则被阿美利卡政府充公。
在2006年，主角伊森的妻子茱莉亚被大反派劫持，为了救回自己心爱的妻子，伊森听从反派的要求，前往上海偷窃源于东方神秘力量的秘密武器——兔子脚（又名：反上帝）。最终，反派被大卡车撞飞，只剩下一只皮鞋。伊森成功解救妻子，至于兔脚，则被阿美利卡政府充公。
事后我们得知，所谓的反上帝（anti-god）武器，其实是某种类似电子病毒的数码原浆，阿美利卡获取它以后对之加以改造，使其作为数字蠕虫病毒，并于2012年前后（对应在碟世界观第四集里的美俄关系遭遇的前所未有大危机）将之上传至俄罗斯黑海舰队，用于全方位监控对方行踪，避免碟4惊心动魄的一刻重演。
但是，这种病毒在俄罗斯的最新高科技反声纳探测潜艇塞瓦斯托波尔号上发生变异——藉由塞瓦斯托波尔号的科技，以兔脚为基础的数字蠕虫病毒开始变异，直至暴走，通过输入虚假信息的方式，令该艘舰艇的官兵全灭，潜艇则沉入无人知晓的海底。
时间来到大约碟4十年后的《碟中谍7》，这种病毒经历漫长的演化，正式演变为“智体”（entity)，并在全球制造了一场前所未有的网络危机。由此也开启了碟7的故事，根据碟7的设定，想要破解智体的秘密乃至找到控制、消灭它的秘密，必须要得到两把神秘的钥匙，站在上帝视角我们得知，这两把钥匙是打开智体诞生地——塞瓦斯托波尔号声纳球的关键。
尽管在潜艇沉没后不久，常常出没在附近的因纽特人便在无意间打碎浮冰，取走了因爆炸冲击而漂浮到海面的、潜艇正副官身上的两把钥匙，但是，随着时间的推移，这两把钥匙的其中一把落入了白寡妇的手里（第一部的女反派麦克斯的女儿），她黑白通吃，与美国政府保有密切关系。另一方面，另一把钥匙则由原MI6特工伊尔沙（碟5女主）截获，并交由伊森保管。
跟随碟7的叙事，CIA局长尤金·基特里奇（原第一部IMF组织部长）一方面派遣两位特工（一位是黑人小哥德加，另一位是第一部的大反派之子布里格斯）随时对伊森及其团队实施抓捕，以获取他们身上的钥匙，另一方面则与白寡妇达成交易（双保险），让她想办法取得完整的两把钥匙并交给美国（基特里奇作为政府的代表）。
白寡妇为了从伊森那里得到另一把钥匙，先是委托一名代理人以伪造的钥匙为诱饵，引伊森上钩，让伊森及其团队在阿布扎比机场与这位代理人见面（伊森则想顺藤摸瓜，找出这位代理人的幕后主使，无论他的钥匙是真还是假），之后，雇佣女神偷格蕾丝，让她以行窃代理人的假钥匙为掩护，实则找到接近伊森的机会，并趁机盗走伊森身上的真的钥匙，之后再与白寡妇本人会合，格蕾丝不负所托，成功取得钥匙，并逃往罗马。
然而，智体一方也派出了代理人，意图将自己的弱点彻底掐灭。主要代理人为伊森的“老朋友”（他杀死了伊森的初恋）盖布瑞尔，他的麾下则是职业女杀手帕丽斯（她只会说法语），在机场，盖布瑞尔安置了智体设置的伪炸弹陷阱，通过语音问话将伊森团队的底细全部套出，之后，则在罗马继续追杀格蕾丝、和跟在格蕾丝一旁的伊森，意图找到他们身上的钥匙。然而被伊森和格蕾丝成功逃脱。
但是，随着盖布瑞尔与智体在这之后的进一步交流，盖布瑞尔获悉，他无需执念于从格蕾丝、伊森、或者白寡妇手上强行取走这两把钥匙，只要他能准时出现在白寡妇举办的威尼斯午夜派对，并杀死伊尔沙或格蕾丝的其中一位，然后登上白寡妇计划与基特里奇展开交易的奥地利火车，两把完整的钥匙便会自然而然出现在他面前，并为他所得。计划很顺利，盖布瑞尔成功杀死了伊尔沙。
而格蕾丝在见到白寡妇之后，并未选择将她手中的钥匙交给后者，而是攥住这把钥匙逃之夭夭，在伊尔沙为救她而牺牲后，格蕾丝被伊森团队收留。伊森这边决定让格蕾丝假扮为白寡妇与基特里奇假装进行交易，并趁此机会将白寡妇已经得到的那把钥匙也收入囊中，然后再开展下一步计划。而伊森的黑人老队友卢瑟则以探寻彻底击败智体的方法为由，开启了暂时隐居的生活。
虽然其中一波三折，但格蕾丝还是成功拿到了完整的两把钥匙并将它们交给了伊森，伊森则成功从火车逃脱。至于盖布瑞尔，在火车上与当时的美国情报总监接头后，拒绝了后者的笼络，并在后者宣称自己是唯一知道塞瓦斯托波尔号沉没方位的人后，将这位情报总监之后，而后，由于他错解了智体的预言，以自己麾下的女职业杀手帕里斯被伊森手下留情为由，试图将帕丽斯杀死，以绝后患，但没能得逞，这也导致了帕丽斯真正的反水与背叛。
最后，帕丽斯被CIA俘虏，格蕾丝也暂时妥协于基特里奇。由此，第七集致命清算的故事告一段落。最终清算开启。
在第8集的开篇，也就是第7集结束的数个月后，智体已经通过各种手段极大扰乱了人类社会的正常秩序，政府的威信也被破坏殆尽。虽然现任碟世界阿美利卡总统的艾丽卡（碟6的CIA局长）直接向伊森施压，希望他交出钥匙，告诉政府他的计划。但由于伊森担心智体落入gov的手里不会有好结果，因此他也在筹备着自己的计划。
伊森先是见到隐居已久的卢瑟，后者此时已积劳成疾，时日无多。但却做出了对抗智体的“大杀器”病毒缓存，只是这个武器需要和智体的源代码（它就在已经沉没10年之久的塞瓦斯托波尔号的声纳球里，更具体地说，是在声纳球里的装置“马蹄铁”上）结合起来，才能起到感染乃至瘫痪智体的作用。但伊森目前却苦于没有更进一步的线索，因此，通过解救被关入奥地利监狱的帕丽斯，伊森得知了盖布瑞尔可能的下落，此外，伊森顺带“策反”了第7集里负责追捕伊森的黑人小哥德加。
在美国驻伦敦大使馆，伊森和格蕾丝反被盖布瑞尔抓获，原来盖布瑞尔因为在第七集没能顺利拿到钥匙而被智体视为失败者并被抛弃，盖布瑞尔因此改变了自己的计划——他要控制智体，但需要伊森的帮忙，那就是找到沉默潜艇里的马蹄铁，并结合卢瑟研究的病毒缓存，从而给智体套上枷锁，这样，盖布瑞尔就可以随心所欲的操纵智体。
但是，伊森却成功挣脱了盖布瑞尔的囚禁，并找到了原先盖布瑞尔和智体取得联系的机关，伊森在这一机关内获得了重要的线索：智体试图给伊森洗脑，他给伊森展示了后者倘若去沉没的潜艇寻找马蹄铁，将有可能导致潜艇内的鱼雷爆炸，以至波及他的队友，带来团队的全军覆没。相反，如果伊森愿意前往位于南非的“末日方舟”，架起接收线让智体进入里面的服务器，那么智体可以考虑放伊森和他的团队一条生路。
伊森拒绝了，但他却得到了重要的线索，通过回想智体放给他的“潜艇任务失败”的假设性画面，伊森得知了潜艇沉没的大概位置——位于阿拉斯加附近，并敦促班吉带领队友及时前往相关的监听站获取塞瓦斯托波尔号沉没的具体方位信息。另一方面，伊森需要让自己被阿美利卡抓获，从而找到接近总统的机会，并说服后者给自己的任务提供支持。
与此同时，盖布瑞尔在逃脱了伊森等人的围追堵截后，直奔卢瑟的藏身所，在拿到卢瑟研发出的病毒缓存后，盖布瑞尔锁死了卢瑟的逃生出口，并在他的房间放置了可以摧毁整个城市的炸弹。因为盖布瑞尔绝对不能允许卢瑟制造出另外一个病毒缓存，这样一来他就失去了牵制伊森的最重要筹码。卢瑟选择牺牲自己解救这座城市。伊森则被CIA特工布里格斯带回美国。跟随基特里奇的介绍，伊森知道现在世界处于毁灭的边缘。智体的计划是控制所有有核国家的核武器库，然后让核弹互射，达到“审判日”的效果，至于智体，则要通过伊森架设的接收线躲进南非的末日方舟，为它在这之后掌控世界做准备。
本来世界有核国家可以采用各自解除核武装的方式来抵制智体对发射系统的渗入，但这样一来就会是囚徒困境的局面，没有哪个国家会相信大家都会乖乖地这么做，也正因如此，各国的核武库被智体一个个击破，仅剩阿美利卡等三个核大国。此时的伊森仍然拒绝将自己的计划向gov全盘托出，他只是希望总统可以无条件的支持他、信任他，给他一切他想要的东西。
班吉带领队友顺利来到了相关的监听站，却发现毛熊的特种部队已经偷偷进入了这里。他们要求站长（第一集里被基特里奇流放到阿拉斯加的倒霉程序员）将2012年的记录全部交给毛熊，但是，这些记录其实早就被第七集里被盖布瑞尔杀死的情报总监销毁了，后者在塞瓦斯托波尔号沉默不久，便率队来到了这座监听站，在得到相关的坐标数据后，便将站内的记录尽数销毁。好在站长本人将具体的方位坐标记在了心里。经过一番博弈，具体方位被顺利发送给了伊森。
另一边，得到坐标的伊森成功进入了沉没的潜艇，取得了马蹄铁。但是，卢瑟制造的缓存病毒依然在盖布瑞尔的手里。伊森便制定了以下计划：前往南非，盖布瑞尔也一定会在那里守株待兔，这样一来，伊森就可以将马蹄铁交给盖布瑞尔，借后者的手实现马蹄铁与病毒缓存的融合，从而使智体陷入“感知”失调，这样一来，当智体准备发射所有核弹之前，出于自保，它会先通过伊森团队架设的接收线进入南非的末日方舟，而后再正式发射所有的核弹。但伊森这边则准备好了同为卢瑟研发的大容量U盘，只等“认知失调”失去敏锐性的智体进入末日方舟服务器的那一刹那，将它锁进这个U盘，从而既能阻止智体听命于盖布瑞尔，又能阻止智体发射核弹。
但是道高一尺魔高一丈。盖布瑞尔在服务器入口的附近已经安放了威力巨大的炸弹，随时准备引爆炸沉末日方舟。因为他不想给智体发射核弹后的容身之地，这样一来，智体的毁灭世界计划就得推迟，而他在拿到伊森找到的马蹄铁后，就可以把它和自己此前抢到的病毒缓存结合在一起，从而掌控智体。
然而，基特里奇和CIA特工布里格斯出场了，基特里奇不相信伊森，也对总统的指示阳奉阴违，他也来到了这里等着伊森自投罗网。随着CIA的人马暂时控制住了局面，基特里奇要伊森赶紧说出马蹄铁的用法，就当伊森想要把马蹄铁和病毒缓存的实情向基特里奇和盘托出的时候（毕竟，让美国政府控制智体也比让盖布瑞尔这个疯子控制要好一些，至少核平的危机可以避免了），盖布瑞尔的人马重新掌控了局面，并想趁乱逃脱。
伊森知道，如果现在不能把马蹄铁交给盖布瑞尔，那么，即使末日方舟的炸弹被拆除，智体却不会被病毒感染，这样一来，感知不会失调的智体也就不会钻进大容量U盘这个陷阱里；而且，假使炸弹无法被拆除，末日方舟注定会被摧毁，那么伊森他们就彻底没有了捕获智体的希望，智体则注定要被世界上的一方势力（大概率是手握病毒缓存逃之夭夭的盖布瑞尔）所掌控。
伊森当机立断，要求队员马上将盖布瑞尔射杀，避免最坏的情况出现，但是失败了。盖布瑞尔成功逃出。伊森只得再次接手不可能的任务，在天上把盖布瑞尔持有的病毒缓存拿回来！另一边，第一集的倒霉程序员承担起了拆弹的重任，格蕾丝、班吉和帕丽斯则前往服务器机房，安排好一切准备工作，就等伊森拿到病毒缓存，将智体成功感染，他们就启动接收线，放“感知失调”的智体进入，然后以迅雷不及掩耳之势，将一时分不清U盘与服务器真身的智体诱拐到大容量U盘里，从而接触世界危机。
在IMF小队拼得热火朝天之际，美国总统艾丽卡“良心发现”，她认为，如果自己主动解除阿美利卡的核武装备，即使本国失去了核威慑，但由于智体没办法控制这个世界上最大的核武库，这样一来，智体掌握世界上所有核弹去互射从而毁灭世界的计划也就不会成功。也就是说，艾丽卡终于发现，智体构造的现实就是“人心当中的囚徒困境”，其实她一直有智体规划的选择（1.要么向智体束手就擒，2.要么向世界其它有核国家的指挥中心发射核武器先发制人，避免智体操控它们）之外的选择。但为时已晚，总统保镖里疑似走火入魔的特工意图行刺，虽被联席参谋长舍身阻止，但美国的核武库也终归在解除武装之前，沦为智体的俘虏。
好在伊森再一次完成了任务，IMF团队的计划终于取得了成功！
来源：42号乌托邦